| Data |
Inizio |
Fine |
Sintesi della lezione |
Luogo |
| 06/10/2025 |
09:00 |
11:00 |
Introduction of the course: program, exercises, exame procedures, exame sessions. |
Non disponibile |
Non disponibile |
Non disponibile |
| 08/10/2025 |
09:00 |
11:00 |
Describtion of the main concepts of genomics. Full genome sequencing strategies: hierarchical method and WHOLE GENOME SHOTGUN; Sequencing methods: 1) Second generation sequencing: Pyrosyquencing (ROCHE 454) |
Non disponibile |
Non disponibile |
Non disponibile |
| 13/10/2025 |
09:00 |
11:00 |
Sequencing methods: 1) Second generation sequencing technologies: Solexa (ILLUMINA); SOLiD. Comparison among the three sequencing technologies |
Non disponibile |
Non disponibile |
Non disponibile |
| 15/10/2025 |
09:00 |
11:00 |
Third Generation Sequencing: HELICOS (Helicos Biosciences); PacBio (Pacific Biosciences); Nanopore (Oxoford Nanopore); 2) Comparison of next generation and next-netx generation sequencing methods. - Gene Annotation; - Functional annotation; - Projects for the
sequencing of whole genomes in plant species of agricultural interest. -Illustration of major databases (NCBI, EMBL, DDBJ), searches in
biological databases (BLAST), sequencing software and for the design of oligonucleotides |
Non disponibile |
Non disponibile |
Non disponibile |
| 20/10/2025 |
09:00 |
11:00 |
exercise in classroom: use of bioformatic tools in collaboration with dr. Chiara D'Attilia |
Non disponibile |
Non disponibile |
Non disponibile |
| 22/10/2025 |
09:00 |
11:00 |
exercise in classroom: use of bioformatic tools in collaboration with dr. Chiara D'Attilia |
Non disponibile |
Non disponibile |
Non disponibile |
| 24/10/2025 |
10:00 |
12:00 |
NOVAGENE seminar: Novogene's multi-omics solutions: From genes to microbial communities |
Non disponibile |
Non disponibile |
Non disponibile |
| 27/10/2025 |
09:00 |
11:00 |
FUNCTIONAL GENOMICS - Study of gene function: - Chemical mutagenesis and TILLING |
Non disponibile |
Non disponibile |
Non disponibile |
| 29/10/2025 |
09:00 |
11:00 |
Exercise in Lab. Use of TILLING to identy new mutant lines in durum wheat. PCR preparation. In collaboration with Dr. Arianna Frittelli |
Non disponibile |
Non disponibile |
Non disponibile |
| 03/11/2025 |
09:00 |
11:00 |
Exercise in Lab. Use of TILLING to identy new mutant lines in durum wheat. Analysis of PCR products using HRM (Light Scanner). In
collaboration with dr. Arianna Frittelli |
Non disponibile |
Non disponibile |
Non disponibile |
| 05/11/2025 |
09:00 |
11:00 |
2nd part of mutagenesis: TILLING applications in species of agrarian interest for functional studies and breeding programs. Marker
assisted selection strategies to follow SNPs in breeding programs: CAPS, dCAPS,
HRM genotyping, TETRA-ARM PCR, KASP |
Non disponibile |
Non disponibile |
Non disponibile |
| 10/11/2025 |
09:00 |
11:00 |
Physical and insertional mutagenesis: fast neutrons, heavy-ion beans
and T-DNA Tagging. Exercise in lab: use of KASP to identify SNPs in collaboration with Dr. Arianna Frittelli |
Non disponibile |
Non disponibile |
Non disponibile |
| 12/11/2025 |
09:00 |
11:00 |
The genetic transformation of plant species. Transformation mediated by Agrobacterium or by biolistic method. Preparation of plasmid vectors.
- Study of gene function: gene overexpression and knock-out (RNA antisense, RNA interference) in transgenic plants; - Preparation of
constructs for the realization of cis-genic plants. |
Non disponibile |
Non disponibile |
Non disponibile |
| 17/11/2025 |
09:00 |
11:00 |
Site-specific modifications. Methods of "genome editing": 1) zinc-finger nucleases (ZFN), 2) transcription activator-like effector nucleases
(TALENs), and 3) Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats-associated (Cas) proteins (CRISPR / Cas) - Application of "genome editing" methods for the genetic improvement of species of agrarian interest. In collaboration with dr. Chiara D'Attilia |
Non disponibile |
Non disponibile |
Non disponibile |
| 19/11/2025 |
09:00 |
11:00 |
Exercise: Preparaction of plasmid for genetic transformation (dig-lig) in collaboration with dr. Francesca Orlando and Chiara D'Attilia |
Non disponibile |
Non disponibile |
Non disponibile |
| 20/11/2025 |
14:00 |
16:00 |
Exercise: E.coli transformation with the ligated vector in collaboration with dr. Francesca Orlando and Chiara D'Attilia |
Non disponibile |
Non disponibile |
Non disponibile |
| 24/11/2025 |
09:00 |
11:00 |
Exercise: plasmid extraction (mini prep) in collaboration with dr. Francesca Orlando and Chiara D'Attilia |
Non disponibile |
Non disponibile |
Non disponibile |
| 26/11/2025 |
09:00 |
11:00 |
Exercise: PCR colony in collaboration with dr. Francesca Orlando and Chiara D'Attilia |
Non disponibile |
Non disponibile |
Non disponibile |
| 03/12/2025 |
09:00 |
11:00 |
Exercise: electrophoresis of plasmid digestion with restrcition enzymes in collaboration with dr. Francesca Orlando and Chiara D'Attilia |
Non disponibile |
Non disponibile |
Non disponibile |
| 10/12/2025 |
09:00 |
11:00 |
Case studies presentations |
Non disponibile |
Non disponibile |
Non disponibile |
| 16/12/2025 |
09:00 |
11:00 |
Case studies presentations |
Non disponibile |
Non disponibile |
Non disponibile |
| 17/12/2025 |
09:00 |
11:00 |
Case studies presentations |
Non disponibile |
Non disponibile |
Non disponibile |
| 22/12/2025 |
09:00 |
11:00 |
Case studies presentations |
Non disponibile |
Non disponibile |
Non disponibile |
| 27/12/2025 |
14:00 |
16:00 |
Exercise: plasmid digestion with restrcition enzymes in collaboration with dr. Francesca Orlando and Chiara D'Attilia |
Non disponibile |
Non disponibile |
Non disponibile |
