| Data |
Inizio |
Fine |
Sintesi della lezione |
Luogo |
| 27/09/2023 |
09:00 |
11:00 |
Introduzione al corso, definizione programma e modalità di svolgimento
esame.
Quantizzazione dell'energia; Radiazione elettromagnetica
Spettroscopia: definizioni generali.Introduzione alla spettroscopia
elettronica. Equazione di Boltzmann. Energie ed orbitali molecolari.
Analisi dei livelli energetici |
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| 28/09/2023 |
09:00 |
11:00 |
Transizioni vibro-elettroniche e principio di Franck-Condon.
Regole di selezione per le transizioni HOMO-LUMO.
Analisi delle proprietà di assorbimento dei differenti cromofori
Lo spettrofotometro
Legge di Lambert-Beer: derivazione e utilizzo |
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| 04/10/2023 |
09:00 |
11:00 |
Analisi quantitativa
Esempi numerici.Gruppi responsabili dell'assorbimento UV-vis delle
proteine
Analisi quantitativa
Utilizzo ProtParam
Solvent perturbation analysis (teoria ed applicazioni) |
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| 05/10/2023 |
09:00 |
11:00 |
UV visibile di proteine e DNA. (esempi)
Effetti della conformazione sul segnale
Uv-vis- Utilizzo di composti cromogenici
Utilizzo della spettroscopia per determinazioni cinetiche: |
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| 11/10/2023 |
09:00 |
11:00 |
Attività ottica: richiami
Polarizzazione della radiazione elettromagnetica
Polarizzazione lineare, circolare e sue combinazioni
Effetto Cotton
Spettro CD e ORD: trasformate di Kronig-Kramers
Spettri CD e struttura secondaria di proteine e DNA |
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| 12/10/2023 |
09:00 |
11:00 |
Dicrosismo circolare: fit di Fasmann
Basis set per analizzare gli spettri
Analisi di spettri di CD di proteine
PCDDB: Collezione di spettri CD di proteine
Utilizzo del tool Dichroweb (SELCON3, CONTIN e D2K,)
Utilizzo del programma BEstSel |
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| 18/10/2023 |
09:00 |
11:00 |
Introduzione alla spettroscopia di fluorescenza: teoria di Einstein
Meccanismi di diseccitazione non radiativa
Conversione interna
Quenching
Fluorescenza: Previsione di uno spettro
Resa quantica di fluorescenza
Diagramma di Jablonski
Lo spettrofluorimetro
Fluorescenza intrinseca ed estrinseca
Proprietà spettroscopiche fluorofori comuni |
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| 19/10/2023 |
09:00 |
11:00 |
Influenza dell'ambiente sulla fluorescenza: teoria
Fluidità e polarità
Equazione di Lippert
Applicazioni tratte dalla letteratura:
Fatty Acid Binding Proteins e Determinazione acidi grassi; Zinc Finger
proteins; metodo dell'ANS per lo studio dell'integrità di membrana
Effetto della fluidità sull'emissione
Applicazioni tratte dalla letteratura:
Fatty Acid Binding Proteins e Determinazione acidi grassi; Zinc Finger
proteins; DOS
Quenching di fluorescenza: Fattori chimico fisici che influenzano il
quenching
Quenching dinamico o collisionale aspetti teorici del fenomeno
Equazione di Stern Volmer |
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| 25/10/2023 |
09:00 |
11:00 |
Richiami della lezione precedente
Quenching statico: analisi del fenomeno ed effetto della temperatura
Quenching di tipo misto
Esempi di studio
Accessibilità frazionale e sua analisi
Esempi dalla letteratura
Introduzione al FRET: Fluorescence Resonance Energy Transfer
Definizione delfenomeno ed analisi dei parametri dai quali dipende.
Distanza inter-cromoforo, orientazione, integrale di sovrapposizione |
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| 26/10/2023 |
09:00 |
11:00 |
RET
Distanza inter-cromoforo, orientazione, integrale di sovrapposizione.
Determinazione del FRET e misura di distanze: definizione dell'efficienza
del trasferimento Distanza di Forster
Applicazioni RET: misura della lunghezza di un'elica (mellitina)
Studio processi di refolding
Studi di folding in-cell
Esempi dalla letteratura
Descrizione esercitazioni pratiche di fluorescenza |
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| 08/11/2023 |
09:00 |
11:00 |
Anisotropia di fluorescenza
Concetti base e Definizioni: anisotropia e Polarizzazione
Anisotropia di fluorescenza
Tempi di correlazione e variazione dell'anisotropia nel tempo
Esempi tratti dalla letteratura
Introduzione alla spettroscopia NMR
Concetti fondamentali: spin Nucleare
Definizioni Fondamentali
Introduzione del momento angolare di spin
Numero quantico di spin I; momento magnetico di spin
Interazione con un campo magnetico esterno:calcolo delle energie |
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| 10/11/2023 |
09:00 |
11:00 |
Esercitazione spettrofotometria |
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| 15/11/2023 |
10:00 |
12:00 |
Esercitazione fluorescenza (I) |
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| 22/11/2023 |
09:00 |
11:00 |
Richiami della lezione precedente.
Il Chemical shift
Scala dei Chemical Shift.
Anisotropia di chemical shift e costanti di schermo
Scalar Coupling e Dipolar Coupling
Genesi della molteplicità dei segnali loro analisi
Equivalenza chimica ed equivalenza magnetica
Molteplicità dei segnali NMR e loro analisi
Scalar Coupling e Dipolar Coupling
Genesi della molteplicità dei segnali loro analisi
Equivalenza chimica ed equivalenza magnetica
Molteplicità dei segnali NMR e loro analisi |
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| 23/11/2023 |
09:00 |
11:00 |
Scalar Coupling e Dipolar Coupling
Genesi della molteplicità dei segnali loro analisi
Equivalenza chimica ed equivalenza magnetica
Molteplicità dei segnali NMR e loro analisi
Previsione di spettri 1D di molecole organiche
Assegnazione spettri NMR di molecole organiche |
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| 24/11/2023 |
10:00 |
12:00 |
Esercitazione NMR |
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| 29/11/2023 |
09:00 |
11:00 |
Assegnazione spettri NMR di molecole organiche
Effetto NOE: analisi delle transizioni zero quantiche e doppio quantiche
Introduzione all Spettroscopia NMR 2D |
Non disponibile |
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Non disponibile |
| 30/11/2023 |
09:00 |
11:00 |
Spettroscopia NMR 2D
Principi generali: schema di un esperimento 2D e genesi della seconda
dimensione
Esempio e significato dei vari segnali
Spettroscopia COSY e suo utilizzo (esempi)
Interpretazione ed applicazione allo studio di peptidi e protein
Spettri TOCSY di aminoacidi e polipeptidi |
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| 06/12/2023 |
09:00 |
10:30 |
IL NOESY-walk e suo utilizzo per l'assegnazione degli spettri
Esempi di assegnazione spettri
Parametri NMR da utilizzare per il calcolo delle strutture
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Non disponibile |
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| 06/12/2023 |
10:30 |
12:00 |
Esercitazione NMR |
Non disponibile |
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| 13/12/2023 |
09:00 |
11:00 |
Parametri NMR da utilizzare per il calcolo delle strutture
NOE, CSI, Angoli torsionali
Classificazione NOE e relazione volume-distanze
Cenni di Molecular dynamics e Simulated annealing
XPLOR-NIH ed analisi degli script:
generate.inp, generate template.inp Simulated annealing.inp Refine.inp
Refinegentle.inp |
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Non disponibile |
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| 14/12/2023 |
09:00 |
11:00 |
STD NMR e drug discovery
Esercitazione di assegnazione spettri di un peptide di 18 aminoacidi e derivazione dei vincoli da utilizzare nel calcolo (distanze, angoli diedri ecc.)
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Non disponibile |
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Non disponibile |
| 15/12/2023 |
09:00 |
12:00 |
Esercitazione di fluorescenza : saggio dell'ANS e quenching con ioduro. |
Non disponibile |
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| 20/12/2023 |
09:00 |
11:00 |
Processamento Spettri 2D utilizzando il programma NMRPIPE |
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